MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Sinorhizobium fredii HH103 plasmid pSfHH103d partial sequence

Total Repeats: 4644

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NT_187148	TTTC	2	8	43	50	0 %	75 %	0 %	25 %	399995315
2	NT_187148	GAT	2	6	138	143	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399995315
3	NT_187148	TCA	2	6	172	177	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399995315
4	NT_187148	AGC	2	6	188	193	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995315
5	NT_187148	AAG	2	6	229	234	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	399995315
6	NT_187148	TCA	2	6	244	249	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399995315
7	NT_187148	ATG	2	6	301	306	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399995315
8	NT_187148	TGC	2	6	336	341	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995316
9	NT_187148	CGG	2	6	384	389	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399995316
10	NT_187148	TCT	2	6	432	437	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399995316
11	NT_187148	CCA	2	6	450	455	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	399995316
12	NT_187148	TGC	2	6	477	482	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995316
13	NT_187148	TGC	2	6	532	537	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995316
14	NT_187148	CGG	2	6	548	553	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399995316
15	NT_187148	TCC	2	6	606	611	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	399995316
16	NT_187148	GCC	2	6	634	639	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995316
17	NT_187148	AGC	2	6	716	721	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995316
18	NT_187148	TCT	2	6	744	749	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399995316
19	NT_187148	CTCGAA	2	12	782	793	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	399995316
20	NT_187148	GAT	2	6	796	801	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399995316
21	NT_187148	TCG	2	6	900	905	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995316
22	NT_187148	GCGAT	2	10	924	933	20 %	20 %	40 %	20 %	399995316
23	NT_187148	ATG	2	6	942	947	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399995316
24	NT_187148	CAT	2	6	955	960	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399995316
25	NT_187148	GCA	2	6	987	992	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995317
26	NT_187148	TGT	2	6	1006	1011	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	399995317
27	NT_187148	CG	3	6	1028	1033	0 %	0 %	50 %	50 %	399995317
28	NT_187148	CAAGC	2	10	1044	1053	40 %	0 %	20 %	40 %	399995317
29	NT_187148	CGT	2	6	1065	1070	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995317
30	NT_187148	ATC	2	6	1088	1093	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399995317
31	NT_187148	GGC	2	6	1105	1110	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399995317
32	NT_187148	CAC	2	6	1119	1124	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	399995317
33	NT_187148	CGG	2	6	1185	1190	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399995317
34	NT_187148	TTG	2	6	1193	1198	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	399995317
35	NT_187148	AGGA	2	8	1223	1230	50 %	0 %	50 %	0 %	399995317
36	NT_187148	TCGGC	2	10	1266	1275	0 %	20 %	40 %	40 %	399995317
37	NT_187148	GAC	2	6	1341	1346	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995317
38	NT_187148	GGCGT	2	10	1463	1472	0 %	20 %	60 %	20 %	399995317
39	NT_187148	TGG	2	6	1491	1496	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	399995317
40	NT_187148	GAA	2	6	1513	1518	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	399995317
41	NT_187148	GCC	2	6	1597	1602	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995317
42	NT_187148	GCC	2	6	1662	1667	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995317
43	NT_187148	TAG	2	6	1682	1687	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399995317
44	NT_187148	GGC	2	6	1697	1702	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399995317
45	NT_187148	CGG	2	6	1812	1817	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399995317
46	NT_187148	ATC	2	6	1979	1984	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399995317
47	NT_187148	CAG	2	6	1987	1992	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995317
48	NT_187148	CG	3	6	2010	2015	0 %	0 %	50 %	50 %	399995317
49	NT_187148	TCT	2	6	2049	2054	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399995317
50	NT_187148	GCA	2	6	2170	2175	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995317
51	NT_187148	TTG	2	6	2184	2189	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	399995317
52	NT_187148	GAC	2	6	2200	2205	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995317
53	NT_187148	CG	3	6	2211	2216	0 %	0 %	50 %	50 %	399995317
54	NT_187148	GCC	2	6	2285	2290	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995317
55	NT_187148	CTGG	2	8	2311	2318	0 %	25 %	50 %	25 %	399995317
56	NT_187148	AAG	2	6	2359	2364	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	399995317
57	NT_187148	GCA	2	6	2477	2482	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995317
58	NT_187148	CG	3	6	2506	2511	0 %	0 %	50 %	50 %	399995317
59	NT_187148	ATC	2	6	2522	2527	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399995317
60	NT_187148	GC	3	6	2532	2537	0 %	0 %	50 %	50 %	399995317
61	NT_187148	GTC	2	6	2545	2550	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995317
62	NT_187148	CAG	2	6	2628	2633	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995318
63	NT_187148	T	6	6	2649	2654	0 %	100 %	0 %	0 %	399995318
64	NT_187148	CAC	2	6	2710	2715	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	399995318
65	NT_187148	CTT	2	6	2761	2766	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399995318
66	NT_187148	CAGG	2	8	2773	2780	25 %	0 %	50 %	25 %	399995318
67	NT_187148	CGT	2	6	2790	2795	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995318
68	NT_187148	GCC	2	6	2815	2820	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995318
69	NT_187148	GCCA	2	8	2933	2940	25 %	0 %	25 %	50 %	399995318
70	NT_187148	CGC	2	6	2949	2954	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995318
71	NT_187148	ATC	2	6	2966	2971	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399995318
72	NT_187148	GCCG	2	8	3038	3045	0 %	0 %	50 %	50 %	399995319
73	NT_187148	CTT	2	6	3075	3080	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399995319
74	NT_187148	GC	3	6	3081	3086	0 %	0 %	50 %	50 %	399995319
75	NT_187148	GTG	2	6	3089	3094	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	399995319
76	NT_187148	GTC	2	6	3100	3105	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995319
77	NT_187148	CGC	2	6	3129	3134	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995319
78	NT_187148	GAC	2	6	3135	3140	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995319
79	NT_187148	GAAT	2	8	3149	3156	50 %	25 %	25 %	0 %	399995319
80	NT_187148	ACGG	2	8	3163	3170	25 %	0 %	50 %	25 %	399995319
81	NT_187148	CTGA	2	8	3210	3217	25 %	25 %	25 %	25 %	399995319
82	NT_187148	GC	3	6	3234	3239	0 %	0 %	50 %	50 %	399995319
83	NT_187148	AAC	2	6	3249	3254	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	399995319
84	NT_187148	CGC	3	9	3270	3278	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995319
85	NT_187148	TTCT	2	8	3288	3295	0 %	75 %	0 %	25 %	399995319
86	NT_187148	CGAC	2	8	3323	3330	25 %	0 %	25 %	50 %	399995319
87	NT_187148	TGC	2	6	3346	3351	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995319
88	NT_187148	ACT	2	6	3363	3368	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399995319
89	NT_187148	ACC	2	6	3378	3383	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	399995319
90	NT_187148	CATCA	2	10	3402	3411	40 %	20 %	0 %	40 %	399995319
91	NT_187148	GAA	2	6	3570	3575	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	399995320
92	NT_187148	AAG	2	6	3592	3597	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	399995320
93	NT_187148	CTT	2	6	3600	3605	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399995320
94	NT_187148	GCT	2	6	3643	3648	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995320
95	NT_187148	CG	3	6	3656	3661	0 %	0 %	50 %	50 %	399995320
96	NT_187148	CCA	2	6	3675	3680	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	399995320
97	NT_187148	ACG	2	6	3752	3757	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995320
98	NT_187148	CAT	2	6	3833	3838	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399995320
99	NT_187148	TGC	2	6	4267	4272	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995321
100	NT_187148	AGC	2	6	4273	4278	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995321
101	NT_187148	GCC	2	6	4299	4304	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995321
102	NT_187148	TTGTCG	2	12	4324	4335	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	399995321
103	NT_187148	CTC	2	6	4371	4376	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	399995321
104	NT_187148	GAA	2	6	4400	4405	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	399995321
105	NT_187148	CTG	2	6	4437	4442	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995321
106	NT_187148	AAG	2	6	4456	4461	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	399995321
107	NT_187148	CG	4	8	4484	4491	0 %	0 %	50 %	50 %	399995321
108	NT_187148	TGG	2	6	4492	4497	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	399995321
109	NT_187148	TGGC	2	8	4527	4534	0 %	25 %	50 %	25 %	399995321
110	NT_187148	GC	3	6	4610	4615	0 %	0 %	50 %	50 %	399995321
111	NT_187148	GACC	2	8	4619	4626	25 %	0 %	25 %	50 %	399995321
112	NT_187148	TTC	2	6	4654	4659	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399995321
113	NT_187148	GGCT	2	8	4662	4669	0 %	25 %	50 %	25 %	399995321
114	NT_187148	GCC	2	6	4698	4703	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995321
115	NT_187148	GAG	2	6	4719	4724	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	399995321
116	NT_187148	TCG	2	6	4759	4764	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995321
117	NT_187148	CGG	2	6	4849	4854	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399995321
118	NT_187148	GTC	2	6	4855	4860	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995321
119	NT_187148	CG	3	6	4931	4936	0 %	0 %	50 %	50 %	399995321
120	NT_187148	AGATC	2	10	4952	4961	40 %	20 %	20 %	20 %	399995321
121	NT_187148	TGAGCG	2	12	4970	4981	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	399995321
122	NT_187148	GCCGC	2	10	5017	5026	0 %	0 %	40 %	60 %	399995321
123	NT_187148	CG	3	6	5047	5052	0 %	0 %	50 %	50 %	399995321
124	NT_187148	TCG	2	6	5053	5058	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995321
125	NT_187148	GAT	2	6	5163	5168	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399995321
126	NT_187148	CG	3	6	5200	5205	0 %	0 %	50 %	50 %	399995321
127	NT_187148	GGCG	2	8	5398	5405	0 %	0 %	75 %	25 %	399995321
128	NT_187148	ACATG	2	10	5412	5421	40 %	20 %	20 %	20 %	399995321
129	NT_187148	CCG	2	6	5449	5454	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995322
130	NT_187148	GTC	2	6	5466	5471	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995322
131	NT_187148	CAT	2	6	5486	5491	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399995322
132	NT_187148	ACC	2	6	5570	5575	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	399995322
133	NT_187148	GCCC	2	8	5715	5722	0 %	0 %	25 %	75 %	399995323
134	NT_187148	GC	3	6	5798	5803	0 %	0 %	50 %	50 %	399995323
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247	NT_187148	TCGA	2	8	11364	11371	25 %	25 %	25 %	25 %	399995330
248	NT_187148	GGC	2	6	11374	11379	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399995330
249	NT_187148	GTA	2	6	11390	11395	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399995330
250	NT_187148	GGT	2	6	11455	11460	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	399995330
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252	NT_187148	TGA	2	6	11815	11820	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399995331
253	NT_187148	TCG	2	6	11874	11879	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995331
254	NT_187148	GTTT	2	8	11960	11967	0 %	75 %	25 %	0 %	399995331
255	NT_187148	CGAA	2	8	11972	11979	50 %	0 %	25 %	25 %	399995331
256	NT_187148	GCG	2	6	12285	12290	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399995332
257	NT_187148	CGT	2	6	12309	12314	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995332
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259	NT_187148	ACC	2	6	12335	12340	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	399995332
260	NT_187148	TGA	2	6	12369	12374	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399995332
261	NT_187148	ATG	2	6	13073	13078	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399995333
262	NT_187148	GAC	2	6	13189	13194	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995333
263	NT_187148	TCCA	2	8	13205	13212	25 %	25 %	0 %	50 %	399995333
264	NT_187148	CCG	2	6	13309	13314	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995334
265	NT_187148	ATG	2	6	13318	13323	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399995334
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267	NT_187148	GAA	2	6	13360	13365	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	399995334
268	NT_187148	CGC	2	6	13390	13395	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995334
269	NT_187148	GCC	3	9	13397	13405	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995334
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273	NT_187148	CGC	2	6	13630	13635	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995334
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389	NT_187148	CGC	2	6	19568	19573	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995339
390	NT_187148	CGA	2	6	19593	19598	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995339
391	NT_187148	CAT	2	6	19696	19701	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399995340
392	NT_187148	TCG	2	6	19707	19712	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995340
393	NT_187148	GATCGA	2	12	19729	19740	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	399995340
394	NT_187148	CAT	2	6	19756	19761	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399995340
395	NT_187148	AGC	2	6	19767	19772	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995340
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397	NT_187148	GAC	2	6	19864	19869	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995340
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399	NT_187148	CGCC	2	8	19956	19963	0 %	0 %	25 %	75 %	399995340
400	NT_187148	GCC	3	9	19976	19984	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995340
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403	NT_187148	CCG	2	6	20071	20076	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995340
404	NT_187148	CCTCGA	2	12	20086	20097	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	399995340
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421	NT_187148	GCA	2	6	21850	21855	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995342
422	NT_187148	CGA	2	6	21899	21904	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995342
423	NT_187148	CGG	2	6	21924	21929	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399995342
424	NT_187148	TGA	2	6	21947	21952	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399995342
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429	NT_187148	CGA	2	6	22225	22230	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995342
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441	NT_187148	CTC	2	6	23040	23045	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	399995344
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465	NT_187148	CGA	2	6	24358	24363	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995345
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473	NT_187148	ATTG	2	8	24640	24647	25 %	50 %	25 %	0 %	399995345
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497	NT_187148	ACG	2	6	25317	25322	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995345
498	NT_187148	GCC	2	6	25347	25352	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995345
499	NT_187148	AGCTG	2	10	25369	25378	20 %	20 %	40 %	20 %	399995345
500	NT_187148	CAA	2	6	25421	25426	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	399995345

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